针对市场主体创新动力不足、创新成果交易困难、创新价值检验标准不一、创新效率低下等问题，蓝源打造创新链，围绕创新的核心主体，以满足市场需求为导向，通过知识创新活动将相关的创新参与主体连接起来，实现知识的经济化过程与创新系统优化目标。创新链以科技创新为主，从创新需求到产业化扩散形成了完整的“创新链”。国家层面注重强化链条上的“基础研究”的部分，地方政府注重强化“应用研究”和“设计开发”，围绕“创新链”的招商，主要以引进从事“应用研究”和“设计开发”的科研机构为目标。

       蓝源创新链集合科研机构、大学、企业、政府组成创新创业联盟，开辟政产学研工贸资结合蹊径，为创新驱动发展探索一条可行路径。当前，由于体制性障碍，我国当前的创新链有四处明显的断裂：一是科研人员和企业没有同一需求牵引，创新方向没有合力；二是存在严重的信息不对称和体制制约，创新成果交易困难；三是创新价值检验标准不一，企业看重市场，研发机构看重成果鉴定、论文评奖；四是创新实施技术创新、轻商业模式，各创新要素成为“创新孤岛”，创新的效益被严重制约。蓝源围绕产业链部署创新链，围绕创新链完善资金链，消除科技创新中的“孤岛现象”，把产业力和科技力粘合起来，在市场的牵引下，搭建“政产创研”平台，构建完整的创新链条。